Karagül'ün 2012'de FETÖ tarafından çalınan sınav sorularıyla derece yaptığı ileri sürüldü. İlk görev yeri Erzurum olan Yaşar Murat Karagül, İçişeri Bakanlığı'nca 11 Kasım 2016'da 44 mülki idare amirine yönelik FETÖ ile iltisakı veya irtibatı olduğu değerlendirmesiyle önce görevden uzaklaştırıldı. Ardından 16 Kaymakam, 23 Hukuk Müşaviri ve 42 Kaymakam adayını kapsayan son KHK ile meslekten ihraç edildi. Karagül, 5 Mart ile 9 Mart 2012'de gerçekleştirilen kaymakaklık sınav ve mülakatlarında birinci olmuştu.