Celal Uzunkaya, geçtiğimiz yıllarda Paralel Yapı tarafından kurulan kumpas sonucu İzmir 10. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından Emniyet Genel Müdür Yardımcısı Mustafa Gülcü ile birlikte "örgüte yardım etmek" suçundan 3 ay 10 gün hapisle cezalandırıldı. Uzunkaya, 13 Ocak 2010'da Resmi Gazete'de yayımlanan emniyet müdürleri kararnamesiyle "başka bir göreve atanmak üzere" görevinden alındı. Böylece FETÖ amacına ulaşmıştı. Kararın temyiz edilmesinden sonra dosya Yargıtay'a taşındı. Temyiz istemini görüşen Yargıtay 16. Ceza Dairesi, önemli bir karara imza attı. Yargıtay 16. Ceza Dairesi Uzunkaya için verilen cezayı bozdu. Dosyadaki dinleme kararlarına dayanak olan talep yazıları ile isimsiz ihbar mektuplarının içeriğinin birbirine benzediğine dikkat çeken Yargıtay, Mustafa Gülcü'nün yasa dışı olarak dinlendiğini ifade etti. Gülcü ve Uzunkaya'nın beraat etmesi gerektiğini belirten Yargıtay, ilginç yorumlar da yaptı. Yargıtay, "Dosya içeriğiyle uyuşmayan ve soyut ve yorum niteliğinde gerekçelerle mahkumiyetlerine karar verilmesi hukuka aykırıdır" dedi.

Yargıtay'ın bozduğu kumpas için İzmir 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nde son karar verildi. Beraat kararı için konuşan İzmir Emniyet Müdürü Celal Uzunkaya,"Bu kumpas tanımına uyan operasyon ile benim ve benim gibi pek çok arkadaşın yılları çalındı. İzmir'de kurulan başta casusluk davası olmak üzere kumpas davaları birer birer çöküyor. İnsanların Allah korkusu yoksa her şeyi yapabiliyor. İşin daha da garibi bu işi yapanlar, Allah korkusunu çokça kullanan ve öne çıkaran insanlar olunca, bu daha büyük bir travma oluşturuyor. Bu yönüyle de hem kamuoyunun hem toplumun vicdanına anlayışına sunmak lazım. Bu da Paralel Yapı'nın ne kadar tehlikeli olduğunu ve ne kadar vahim sonuçlar doğurabilecek işlerin kaynağı olduğunu gösteriyor. Nice yuvalar darmadağın edildi. Bunu kendi özelimizde de yaşadığımız sıkıntılardan da biliyoruz. Çok şükür başımız öne hiç eğilmedi. Kendimizden emindik. Neticede 4 yıl ağır ceza mahkemelerinde yargılandım. Tutuklanabilirdik de. Hanefi Avcı benzeri arkadaşlar 3.5-4 yıl haksız yere ceza evlerinde yattı. Allah kötülerin şerrinden herkesi korusun" diye konuştu.